铝合金的可加工性好广泛用于制造画舫船、游艇、钓鱼艇、巡逻艇、无人船艇等，玻璃纤维通常用于其他船体的防腐，单纯的玻璃钢船体工艺复杂，要求高，成本会随着船体厚度增加升高。

铝合金船和玻璃钢船都因为质量轻、耐腐蚀被广泛使用。但是相同船型相同规格下，铝合金船重量更轻。装配相同动力，铝合金船速度更快，更加节能。随着使用年限增加，铝合金船在这方便的优势会更加明显。铝合金船轻巧，不吸水，而玻璃钢船由于水分子可以通过玻璃纤维与树脂的微小通道逐步渗入内部，也就是俗话说的吸水。吸水不仅增加了玻璃钢船的重量，而且对玻璃钢的强度有一定的影响。

维护保养方面，铝合金船具有较好的强度和可塑性，在轻微碰撞后只会凹陷，维修起来像汽车钣金一样可以吸出来重新整形，很是方便。而玻璃钢船吸水会导致强度下降，发生碰撞可能出现龟裂、开裂现象。玻璃钢耐温性差，高温容易变形且强度下降。玻璃钢船容易老化，影响美观，总体上玻璃钢船的维护保养成本较高。

另外铝合金船就其本身材质来说更加环保，铝合金船报废后可以很简单被回收利用，不会造成污染。玻璃钢船报废后很难全部回收利用，拆解处理成本较高，对环境有一定的影响。

当然每种材质都有一定的特性是其他材质不具备的。比如玻璃钢无磁性，介电性好，微波穿透性能好，适宜制造扫雷艇、猎雷艇、登陆艇等军用艇。玻璃钢船价格相对便宜，船底设计上来可以轻易做成非常尖的，增加船的切水性，减少阻力，同时提升船舶的稳定性和操控性。铝合金船V型船底虽然也可以做得很尖，但是工艺复杂且成本较高。

综上从耐用性、实用性、环保上我倾向于选择铝合金船。